Yeni doğmuş ve anne sütü ile emzirilen bir bebeğin dışkısı normal olarak koyu bir çorba kıvamındadır. Eğer bebeğiniz ilk ayını doldurmadan ishal olmuş ise nedeni herhangi bir enfeksiyon olabilir. Bu durumda bebeğin dışkısı yeşilimsi ve sulu olacak, dışkılama sayısı artacak, anne sütü ile beslenen yeni doğmuş bir bebeğin dışkısında normal olarak bulunan süt pıhtıları görülmeyecek ve hoş olmayan bir koku olacaktır.
Eğer yeni doğmuş bebeğinizin ishal olduğundan şüpheleniyorsanız bebeğinizin doktoruna haber veriniz. Eğer doktorunuz bebeğinizin yalnızca hafif bir ishal olduğuna karar verirse, bu durumda size bebeğinizi besleme sayısını ya da beslenme miktarını değiştirmenizi tavsiye edebilir. Bebeğinizi emzirmeye devam edin, ancak bebek her zamankinden biraz daha az iştahlı olursa şaşırmayın. Eğer doktorunuz ishalin daha ciddi olduğunu ya da bebeğin su kaybetmekte olduğunu söylerse, bebeğinizin hastaneye yatırılması gerekebilir.

Yeni doğmuş bebeklerde kabızlığa çok nadir rastlanır. Böyle bir durumda şunu öncelikle anlamalısınız ki, kabızlık bebeğin dışkısının niteliği anlamında kastedilmektedir; yani bebeğin dışkısının gecikmesi kastedilmemektedir. Anne sütüyle beslenen bebeklerin bazıları her emzirme sonrasında altlarını kirletebilirler; bazı yeni doğmuş bebekler de günde bir defa ya da iki günde bir altlarını kirletebilirler. Yani bir bez arayla altını kirletiyorsa, bu durum bebeğin kabız olduğu anlamına gelmez.

Gerçek kabızlık, kolay çıkarılamayan sert ve kuru dışkı anlamına gelmektedir. Anne sütüyle beslenen bebeklerin dışkısı elma püresi kıvamında ve yumuşaklığındadır. Bebek bazan dışkılamakta güçlük çekiyor gibi görünür ama dışkısı yine de sıvı olarak çıkar. Doktorlar bunun için, bebeğin anüsünün çok yumuşak olan dışkı üzerine basınç uygulayamayacak durumda olduğunu ileri sürerler. Genellikle bu durum için herhangi bir tedavi tavsiye edilmez.

Mamayla beslenen yeni doğmuş bebekler bazan dışkılamakta güçlük çekebilirler. Bu bebeklerin dışkıları sert olabilir. Bebek eve getirildikten sonra gelişen kronik kabızlık da doğuştan gelen bir kalıtımsal hastalık nedeniyle oluşuyor olabilir ve bebeğinizin doktoruna bildirilmesi gerekir.