İnflamatuvar barsak hastalıkları (İBH) görülme yaşı açısından fertilite Dönemine rastlamaktadır.Bu nedenle fertilite, gebelik periyodu,hastalığın fötüse etkileri, gebeliğin ülseratif kolit ve Crohn hastalığı prognozuna etkisi, gebelikte kullanılan ilaçların anneye ve fötüse etkileri sıkça tartışılan konulardır. 1950 yılından bu yana bu konularda araştırmalar yapılmaktadır.

Ülseratif kolitli hastalarda fertilite, normal popülasyonla genellikle aynıdır. Crohn hastalığında ise,hastalık aktivitesi ile orantılı olarak fertilite azalmakta,yeterli İlaç tedavisi ile sağıtımdan sonra remisyona girince düzelmektedir.Crohn koliti olanlarda ileitise göre fertilite daha düşük bulunmuştur. (Hastalarda ve seksüel partnerlerinde perirektal, perianalve rektovaginal tutulum,dispareunia ve azalmış libido ile ilgili). Yine de muhtemelen genç kadınlarda fertiliteyi azaltan major faktör gebe kalma korkusudur.

Erkeklerdeki infertilite sulfazalazin tedavisine bağlı oluşabilir,, ilaç kesildikten sonra düzelmektedir. Yapılan çalışmalar göstermiştir ki, ülseratif kolit ve Crohnlu hastalarda sağlıklı doğum oranı, konjenital anomaliler,spontan abortus, ölü doğum ve preeklampsi/ eklampsi oranları normal popülasyon ile benzerdir.

İBH'lı olgularda gebelik esnasında görülen ve cerrahi tedavi gerektiren alevlenmelerde fötal mortalite oranı yüksektir. Özellikle anorektal ve perirektal abseli, fistüllü Crohn hastalarında, fistül gelişiminin önlenmesi veya epizyotomi skatrizasyonunun uzamasını engellemek için sezaryen ile doğum tercih edilmelidir.

Çeşitli çalışmalar göstermiştir ki, her iki hastalıkta, konsepsiyon sırasındaki hastalık aktivitesi gebelikteki prognozun belirleyicisidir. Eğer hastalık gebelik esnasında ortaya çıkarsa prognoz daha kötü olabilir, ancak, ilaç tedavisi yoğun olarak uygulanırsa,hastanın durumu düzelir.Ülseratif kolitli hastalardaki alevlenmeler genellikle birinci trimestirde, Crohn'da ise üçüncü trimestirde görülür.

İBH'da kullanılan ilaçlardan Sulfalazin ve 5-ASA preparatları yapılan çalışmalarda emniyetli bulunmuşlardır. Steroidler de genellikle emniyetlidir. Fötal dolaşıma çok az geçerler ve hipofiz-adrenal aks supresyonu nadiren görülür. Azathiopirin ve 6-merkaptopürinin fetal toksisitesi çok az veya yok bulunmuşsa da, Çok gerekmedikçe diğer ilaç tedavileri uygulanmalı, önceden kullanılıyorsa, konsepsiyon öncesi ilaç kesilerek, daha sonra eğer gerekiyorsa, tekrar başlanmalıdır. Metatoraksat teratojenite nedeni ile kontrendikedir.